Neena B. Schwartz Kimya, Biyomedikal Mühendisliği ve Biyokimya ve Moleküler Genetik Profesörü Shana Kelley liderliğindeki araştırmacılar; diğer küçük moleküllere farklı seviyelerde bağlanan sentetik DNA sekanslarını tanımlamak için yeni bir yaklaşım geliştirdiler.
Nature Chemistry‘de yayınlanan bir çalışmada ayrıntıları verilen yaklaşım, kronik hastalıkları olan hastalar için tanısal izlemenin verimliliğini artırmaya yardımcı olabilir.
Aptamerler, peptitler, karbonhidratlar ve yabancı patojenler gibi diğer küçük moleküllere seçici olarak bağlanan sentetik DNA sekanslarıdır. Aptamerler, monoklonal antikorlarla aynı şekilde terapötik amaçlarla kullanılabilir ve kök hücre markörlerinin yanı sıra patojen ve kanser tanıma için de kullanılmıştır.
Ancak Kelley’e göre, farklı seviyelerde bağlanma gücüne sahip aptamerlerin üretilmesi bu alanda büyük bir engel olarak kalmıştır.
Kelley “İşin seçim kısmı biraz zorlayıcı. Çok fazla yanlış pozitif alabilirsiniz ve çok ayarlanabilir değil. Diğer taraftan reaktifleri alıyorsunuz ama bu çok sistematik değil” dedi.
Mevcut çalışmada Kelley’in ekibi, bu süreci kolaylaştırmak için istenen bağlanma afinitelerine sahip aptamerlerin verimli ve nicel olarak üretilmesini sağlayan yeni bir iş akışı geliştirdi.
Pro-SELEX olarak adlandırılan yaklaşım, belirli bir moleküle farklı seviyelerde bağlanma gücüne sahip eksiksiz bir aptamer setini izole etmek için mikroakışkan adı verilen bir moleküler analiz tekniği kullanıyor.
Geleneksel yöntemler şu anda aptamer adaylarını taramak için tekrarlayan seçim turlarına dayanmaktadır. Araştırmacılar Pro-SELEX kullanarak, potansiyel aptamerlerin farklı hedef konsantrasyonlarındaki bağlanma performansını tek bir seçim sürecinde izleyebildiler.
Kelley “Bunun çok kullanışlı olduğu ortaya çıktı çünkü bazen çok güçlü bağlanma bazen de daha zayıf bağlanma istiyorsunuz. Her birinin artıları ve eksileri var ve mikroakışkan seçimimizden çıkan şey, bu aptamerlerin yüzlercesi ve tüm dizileri sıralayabilir ve ‘Gerçekten güçlü bir bağlayıcıya ihtiyacımız varsa, buraya bakarız ve daha az güçlü bir bağlayıcıya ihtiyacımız varsa, popülasyonun bu kısmına bakarız’ diyebiliriz” dedi.
Kelley’e göre Pro-SELEX, teşhis sensörlerinin geliştirilmesine yardımcı olabilir ve diyabet, kardiyovasküler hastalık veya böbrek hastalığı gibi kronik hastalıkları olan hastalar için biyomarkörlerin daha kapsamlı bir şekilde izlenmesini sağlayabilir.
Kelley, “Eğer daha düzenli test yapılmasını sağlayan sistemler geliştirebilirsek, bu kronik hastalıkları çok daha iyi yönetmemize yardımcı olacaktır” dedi. “Doğru özelliklere sahip olan ve size doğru okumaları veren daha iyi aptamerler geliştirerek, daha kapsamlı ve sürekli bir izlemeye doğru ilerleyebileceğimizi umuyoruz.”[1]New DNA identification approach could improve monitoring for chronic diseases
[cite]
Kaynaklar ve İleri Okuma
| ↑1 | New DNA identification approach could improve monitoring for chronic diseases |
|---|
