Sekonder bileşikler, bitki büyüme ve gelişiminde doğrudan görev almazlar. Fakat bu bileşikler; herbivor hayvanlara ve hastalıklara yol açan mikroplara karşı savunma gibi gerekli temel görevleri yerine getirirler.
Bitkiler kaçamamaları nedeniyle, savunmaları için kimyasallara bağımlıdırlar ve bu nedenle kimyasal savaş konusunda sanki birer uzman olmuşlardır. Bitkiler doğada zararlı böcek sürüleri, öldürücü mikroplar ve obur herbivorlar tarafından sarılmış olmalarına rağmen, hala yaşayıp büyüyebilmektedirler. Bu durum, bitkilerin kendilerini kimyasal olarak savunabilme yeteneklerinin bir sonucudur. İyi savunma yapan bitkiler daha fazla yavru birey üreterek nesillerini sürdürürler ve bu şekilde sürüp giden doğal seleksiyonla yaşayabilmiş olmaları, sekonder bileşiklerin bitkilerdeki varlık nedenini açıklar.
Ayrıca; bitkiler, hayvanlar gibi eş bulup çiftleşmeyi veya göç etmeyi başaramadıklarından, sıklıkla üreme hücrelerini veya tohumlarını bir yerden başka bir yere taşıtmak için hayvanları kullanırlar. Sekonder bileşikler, çiçeklere ve meyvelere renk vererek onların hayvanları cezbetmesini ve çiçek tozu ve tohumların onlar tarafından dağıtılmasını sağlarlar. Bitkilerin sekonder bileşikleri aynı zamanda ilaç olarak kullanılmaktadır. Dünya nüfusunun %80’ninin eczacılık ürünü ilaçlara değil, doğrudan doğadan toplanan bitkilerden çıkarılmış olan ilaçlara bağımlı olduğu düşünülmektedir.
[cite]
