Lipidler, birçok hücresel süreçte önemli rol oynayan bir biyomolekül sınıfıdır. Bir örnekteki tüm lipitleri karakterize etmeyi amaçlayan ve lipidomik olarak adlandırılan analizler, karmaşık biyolojik sistemleri incelemek için çok önemlidir.
Lipidomiklerdeki önemli bir zorluk, lipitlerin çeşitli yapılarını biyolojik işlevleriyle ilişkilendirmektir. Yağ asidi zincirleri içindeki çift bağların konumları özellikle önemlidir. Bunun nedeni, hücresel membranların fiziksel özelliklerini etkileyebilmeleri ve hücre sinyal yollarını modüle edebilmeleridir.
Bu bilgiler lipidomik çalışmalarında rutin olarak ölçülmez çünkü karmaşık veriler üreten karmaşık bir deneysel kurulum gerektirir. Bu nedenle, Kuzeybatı Pasifik Ulusal Laboratuvarı’ndaki (PNNL) bilim insanları, çift bağların konumlarını belirlemek için kolaylaştırılmış bir iş akışı geliştirdi. Bu iş akışında hem otomasyon hem de makine öğrenimi yaklaşımları kullanılıyor.
Geliştirdikleri yeni yöntem LipidOz, çift bağların konumlarını belirlemek için veri analizini kolaylaştırıyor. LipidOz, lipid analizinin bu kilit kısmını ele alarak araştırmacılara lipid karakterizasyonu için daha verimli ve doğru bir yöntem sunuyor. Çalışma Communications Chemistry dergisinde yayımlandı.
Lipidlerin kesin olarak tanımlanması, aynı kimyasal formüle ancak farklı fiziksel konfigürasyonlara sahip moleküler parçaların varlığı nedeniyle karmaşıktır. Bu moleküler parçalardaki farklılıklar özellikle yağ açil zinciri uzunluğu, stereospesifik olarak numaralandırılmış (sn) pozisyon ve çift bağların pozisyonu/stereokimyasını içerir.
Geleneksel analizler yağ açil zinciri uzunluklarını, çift bağ sayısını ve bazı durumlarda sn pozisyonunu belirleyebilir ancak karbon-karbon çift bağlarının pozisyonlarını belirleyemez. Bu çift bağların konumları, karakteristik parçalar üreten ozonla indüklenmiş ayrışma (OzID) adı verilen bir gaz fazı oksidasyon reaksiyonu kullanılarak daha büyük bir kesinlikle belirlenebilir.
Bununla birlikte, bu reaksiyondan elde edilen verilerin analizi karmaşık ve tekrarlayıcıdır ve yazılım aracı desteği eksikliği vardır. Açık kaynaklı Python aracı LipidOz, geleneksel otomasyon ve derin öğrenme yaklaşımlarının bir kombinasyonunu kullanarak lipitlerin çift bağ pozisyonlarını otomatik olarak belirler. Yeni araştırma, standart lipit karışımları ve karmaşık lipit ekstraktları için bu yeteneği göstererek, gelecekteki lipidomik çalışmalar için OzID’nin pratik uygulamasını mümkün kılmaktadır. [1]“LipidOz: New software enables identification of lipid double bond locations” yazısından çevrilmiştir.[2]Öne çıkan görsel
[cite]
Kaynaklar ve İleri Okuma
| ↑1 | “LipidOz: New software enables identification of lipid double bond locations” yazısından çevrilmiştir. |
|---|---|
| ↑2 | Öne çıkan görsel |
